El Consejo de Vigilancia es un organismo colegial de administración de la RUDN.
El organismo de gestión colegial es la Conferencia de los empleados y estudiantes de la RUDN, celebrada 2 veces al año.
En el resto del tiempo las decisiones las toma el Consejo Científico, cuyos miembros están elegidos por votación secreta en la Conferencia mencionada. El Consejo está compuesto de los representantes de todas las subdivisiones científicas, pedagógicas y administrativas importantes de la Universidad. Está presidido por el Rector de la Universidad
El Rector realiza la administración directa de la Universidad..
Los Jefes de facultades / Institutos / academias representan consejos científicos encabezados por decanos / directores.
Los Jefes de cátedras y departamentos (subdivisiones educativas y científicos estructurales principales de la Universidad) son los titulares de cátedras y directores de departamentos.
Desde 2020, la Universidad ha establecido el cargo de Presidente de la Universidad.
El Presidente de la Universidad, por acuerdo con el Rector, ejerce las siguientes competencias:
- participa en las actividades del Patronato y otros órganos de gobierno de la Universidad;
- participa en el desarrollo de programas para el desarrollo de la Universidad; representa a la Universidad en las relaciones con los organismos gubernamentales, gobiernos locales, organizaciones públicas y otras;
- participa en la solución de problemas para mejorar las actividades docentes, científicas, educativas, organizativas y de gestión de la Universidad.