Le Conseil de surveillance a la fonction d’un organe de gestion collégiale de l’Université.
La Conférence générale de l’Université avec la participation du personnel enseignant, des collaborateurs et apprenants de l’URAP, qui a lieu 2 fois par an, est l'organe collégial de direction.
Le reste du temps les décisions sont prises par le Conseil scientifique, dont les membres sont élus au vote au scrutin secret à la Conférence susmentionnée. Le Conseil scientifique est constitué des représentants de toutes les subdivisions scientifiques, pédagogiques et administratives principales de l’Université. Il est dirigé par le Recteur de l’Université.
La direction immédiate de l’Université est assurée par le Recteur.
La direction générale des facultés, des instituts et de l’académie se fait par les Conseils scientifiques, dirigés par les doyens des facultés et directeurs chargés de la gestion immédiate.
La gestion des chaires et départements (subdivisions éducatives et scientifiques principales de l’Université) est assurée par les directeurs des chaires et chefs des départements.
Depuis 2020, le poste de Président de l'Université a été établi.
Le Président de l'Université, en accord avec le Recteur, exerce les pouvoirs suivants:
- participe aux activités du Conseil d'administration et des autres organes directeurs de l'Université;
- participe à l'élaboration de programmes de développement de l'Université;
- représente l'Université auprès des autorités de l'État, des gouvernements locaux, du public et d'autres organisations;
- participe à la résolution des questions d'amélioration des activités éducatives, scientifiques, organisationnelles et managériales de l'Université.